La cabecera de la iglesia presenta tres ábsides de planta semicircular cubiertos con bóveda de horno; en el correspondiente a la nave central, de mayores dimensiones que los laterales, tras el retablo, se aloja la capilla del Sagrario ubicada a la altura del óculo. En él se alojaba el retablito de la Anunciación, hoy en nave de la epístola.
El retablo de San Pedro o retablo Mayor, fechado en1602,es obra de Juan de Berrueta y Juan de Alli. Dorado por Andrés de Arana, obrero de San Pedro. Presenta predela, dos cuerpos separados por un entablamento donde se representan los evangelistas y ático, todo ello dispuesto en tres calles. En la predela y en el primer cuerpo se relata, en cinco relieves, la vida de San Pedro a lo que se anade una escultura del mismo representando como Papa; se intercalan las representaciones esculpidas de San Justo, San Orencio, San Esteban y San Pastor. En las calles laterales del segundo cuerpo y ático, se nos presentan las tallas de los santos oscenses: San Lorenzo, San Vicente, San Orencio y Santa Paciencia; en la calle central aparece el óculo de la capilla del sagrario (rasgo propio de los retablos aragoneses de la época) abajo, y la escena del Calvario bajo el Dios Padre en el ático. Bajo el retablo, las puertas de acceso a la capilla del Sagrario representan a San Pedro y San Pablo.